確かに受信したはずのメールがどこを探しても見つからない。

Becky2のヘルプからの抜粋です。最初に見ておけばよかった…。

確かに受信したはずのメールがどこを探しても見つからない。まず、自動振り分け機能で、どこかのフォルダに振り分けられていないか探してみてください。受信直後であれば、「表示」メニューの「新着リスト」を表示する事で、受信したばかりのメールの一覧を見る事が出来ますので、該当するメールをダブルクリックしてみてください。それでも見つからない場合、何らかの理由で、インデックスファイルが壊れた可能性があります。メールを受信したと思われるフォルダで、「ファイル」メニューの「フォルダ」「修復」を実行してみてください。「修復」以外のコマンド、特に「送信日付で整理」「重複メールを削除」「コンパクト化」「フォルダメンテナンスコンボ」は絶対に実行しないで下さい。残っているはずのデータが削除されてしまう可能性があります。それでも出現しない場合は、「ファイル」メニューの「バックアップログから取り込み」で、該当する日付のバックアップファイルよりメールを取り込んでください。ただ、ここまで必要となるケースは稀だと思います。もしそうなった場合は、ファイル自体が破損している可能性がありますので、Windowsのスキャンディスクなどをかけてみられる事をお勧めします。